รูปแบบการไหลของคลีนรูมเป็นพื้นสามชนิดข้างต้น แต่โปรแกรมการปฏิบัติสามารถพัฒนาหลายรูปแบบ คลีนรูมได้ลายไหลผสมผสานกับกระแสทิศทางทิศทางเดียว และไม่ได้สำหรับห้องปลอดเชื้อระดับสูงในท้องถิ่น (ส่วนที่ไหลทิศทางเดียว)